La première parution de Cuinzier date de 1234, sous le nom d'Ad Cunxie. Cette appellation évoluera ensuite en Cunziaco en 1286, Cuinzié en 1583 et enfin Cuinzier en 1687. La commune faisait partie du Lyonnais jusqu'en 1793, puis fut rattachée au département de la Loire.
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